原文标题:Effect of storage temperature time on PRRSV RT-qPCR testing
PCR结果的准确性受到样品采集、储存、运输和处理过程以及存储温度和时间的影响。尽管这是共识,但是这些影响因素对病毒RNA的影响缺乏探索和量化。本研究通过RT-PCR定量分析存储温度、时间对血清、口腔液和粪便中PRRSV RNA和猪内参基因(internal sample control, ISC)检测的影响。本研究中的血清(n=5)来自实验性感染PRRSV野毒的猪,口腔液(n=5)、粪便(n=5)样本来自免疫PRRSV MLV单独饲养的猪。
每一个样本被分为28等份,500µL/ 份,每份对应一种温度和时间的处理组合,即4℃、10℃、20℃和30℃,每种温度处理分别对应24、48、72、96、120、144或者168小时处理时间。处理结束后采用RT-qPCR进行定量检测PRRSV和ISC。将RT-qPCR的结果――定量循环数(quantification cycle, Cq)进行立方根转换,并将其定义为“标准效率循环值”(efficiency standardized Cqs, ECqs)用于分析。温度和时间的影响采用Rv.4.2.1进行混合效应回归模型分析(表3),得到不同温度下每经过24h PRRSV RNA的RT-qPCR的下降值,括号内为下降的百分比。
总之,在本研究结果中,血清保持在4℃、10℃和 20℃下186小时对PRRSV的检测没有影响,但是保存在30℃时会导致PRRSV RNA的检测值的损失。猪血清在4℃和 10℃时,ISC稳定,但是在20℃和30℃时可观察到明显影响。无论在什么温度下,口腔液和粪便中PRRSV和 ISC RNA都不稳定。基于这样的结果,我们建议采用RT-qPCR检测PRRSV的血清样本应存储在≤20℃。相反,口腔液和粪便样本,在检测以前应当冷冻保存(-80℃),避免PRRSV RNA的降解,即出现假阴性。
来 源:2023 NAPRRS/NC229: Proceedings of International conference of Swine Viral Diseases