原文标题：Comparing the molecular evolution and recombination patterns of predominant PRRSV-2 lineages co-circulating  in China

本研究从Genbank中下载了2023年以前由中国上传的822个PRRSV基因组序列进行序列分析，并采用ML方法和贝叶斯时间尺度树（Bayesian time-scaled trees）建立进化树。此外，对下载的基因组序列应用重组分析和限制性片段长度多态性分型（Restriction fragment length polymorphism, RFLP）分析其基因多样性。

遗传进化分析结果显示， 猪繁殖与呼吸综合征病毒（porcine reproductive and respiratory syndrome virus，PRRSV）基因组序列分为两个主要基因型：PRRSV-1（欧洲株，33条）和PRRSV-2（美洲株，789条）。PRRSV-2分为谱系1、3、5和8，谱系8占主导46.9%，其次为谱系1，占32.7%（图2）。

本研究共识别出23种独特的RFLP类型，常见的RFLP类型包括亚谱系8.7的1-4-3亚型、亚谱系3.5的1-3-2亚型、亚谱系5.1的2-5-2亚型、亚谱系1.5的2-5-2亚型以及亚谱系1.8的1-4-4亚型。其检测趋势显示出显著的时间变化趋势，随着时间的推移，新RFLP 类型的数量逐渐增加（图 3）。2005-2015年亚谱系8.7占主导地位，但是亚谱系1.8和1.5发病率分别在2016年和2020年显著增加，取代亚谱系8.7成为国内主要病毒变体。亚谱系5.1和3.5以及PRRSV-1始终维持较低的流行率。不同的谱系/亚谱系发病率在不同地区存在差异，如华北和华中主要是谱系8（63.5%、61.3%）、东北是谱系1（55.2%）、华南是谱系3（20.8%）。

重组分析结果如图4所示，本研究共鉴定出了273个重组事件。2013年之前很少发生重组，自2014年，亚谱系1.8是重组毒株的主要亲本（174/273，63.7%）。最常见的谱系间重组是亚谱系1.8（主要亲本）+亚谱系8.7（次亲本），其次是亚谱系8.7（主要亲本）与亚谱系1.8（次亲本）。2021年起，重组更加复杂化，出现三重重组（62.5%），亚谱系1.8（主要亲本）+亚谱系8.7（次亲本）+亚谱系1.5（次亲本）。